Genomics Sequencing

2021-08-03

• De Novo Sequencing 
• Whole Genome Resequencing
• Whole Exome Sequencing
• Targeted Region Sequencing

 

Denovo sequencing refers to sequencing a novel genome where there is no reference sequence available for alignment. The coverage quality of denovo assembly depends on the size and continuity of the contigs. De novo sequencing generates the first genome map for a species, thus providing a valuable reference sequence for re-sequencing. Oxford Nanopore and PacBio sequencing systems enable a faster and more accurate characterization of anyspecies at the nucleotide level.
Jenker combines both Illumina HiSeq and PacBio systems to provide a fast and accurate de novo sequencing and bioinformatics analysis for any species. Our highly experienced expert team executes quality management, following every procedure to ensure reliable results.
Advantages of De Novo Sequencing

• Generates accurate reference sequences, even for complex or polyploid genomes
• Provides useful information for mappinggenomes of novel organisms or finishing genomes of known organisms
• Identifies structural variants and complexrearrangements, such as deletions, inversions, or translocations

Sequencing Platforms 

• HiSeq 4000/ HiSeq X Ten/ NovaSeq 6000
• PacBio RSII/ Sequel

Bioinformatics Analysis

• Data quality control
• Genome preliminarily assembles
• Genome annotation

    ...
 (More analysis upon request)
Analysis Workflow
 

 
 
 

Whole genome sequencing (WGS) is a comprehensive method for analyzing entire genomes which can identify DNA biomarkers such as single nucleotide polymorphism (SNPs), insertions and deletions (indels), structure variations (SVs), copy number variations (CNVs) and other genetic changes of the sequenced species with high accuracy. It is also an indispensable part of genome-wide association study (GWAS), where common genetic variants indifferent individuals are assessed to determine if a variant is associated with a particular phenotype. GWAS can be broadly used in food safety, agriculture, pharmacy and personalized medicine. What’s more, it provides an unprecedented opportunity for characterizing the polymorphicvariants in a population, which comprehensively unravels the underlying mechanisms of species origin, development, growth, and evolution.
Jenker provide both illumina and Nanopore platforms to provide a fast and accurate whole genome resequencing andbioinformatics analysis forany species. Our highly experienced expert team executes quality management, following every procedure to ensure reliable results. 
Advantages of Whole Genome Resequencing

• Single base-pair resolution
• genome-wide mutation characterization
• Population evolution and phylogenetic studies

Sequencing Platforms 
HiSeq 4000/ HiSeq X Ten/ NovaSeq 6000/ Pabio Sequel/ Nanopore 
Bioinformatics Analysis

• Data quality control
• Alignment to reference genome
• Variant (SNP, CNV, InDel and SV) calling,annotation and statistics

...
(More analysis upon request)
Analysis Workflow
 

 
 
 

The exome (the protein-coding region of the human genome) represents less than 2% of the genome, but contains ~85% of known disease-related variants, For this reason, sequencing of the whole exome has the potential to uncover higher yield of relevant variants at a far lower cost than whole genome sequencing. Whole exome sequencing is thought to be an efficient and powerful way to identify the genetic variants that affect heritable phenotypes, including important disease-causing mutations and natural variations.
Jenker employs the Illumina HiSeq and Novaseq system to provide the fast and accurate whole exome sequencing and bioinformatics analysis. Our highly experienced expert team executes qualitymanagement, following every procedure to ensure reliable results.
Advantages of Whole Exome Sequencing

• Identifies variants across a wide range ofapplications
• Lower cost and wide availability
• Achieves deeper coverage of coding regions
• A smaller and more manageable data set for faster and easier analysis compared to whole genome sequencing

Sequencing Platforms 
HiSeq 4000/ HiSeq X Ten/ NovaSeq 6000
Bioinformatics Analysis

• Data quality control
• Alignment with reference genome
• SNP/ InDel calling, statistics and annotation
• Somatic SNP/ InDel calling, statistics and annotation

...
(More analysis upon request)
Analysis Workflow

 
 
 

Target Region Sequencing focuses on a subset ofgenes or specific regions of the genome. It is an effective approach to investigate selected region(s) of interest. By utilizing targeted region sequencing panels, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), insertions/ deletions(InDels), copy number variations (CNVs), and structural variants (SVs) could beidentified. Compared with whole genome sequencing, targeted region sequencing enables accurate detection of rare variants with higher sensitivity and specificity. This approach is very cost-effective when handling with a large amount of samples, which significantly reduces thecost per sample.
The process of targeted region sequencing includesprobes/ primers designing/ synthesis, target regions capture, library construction, paired-end sequencing, and bioinformatics analysis based on target sequences. Specific probe/primer sets are designed to enrich targeted regions using either hybridization or amplification methods.
The targeted region sequencing has a wide range of applications, including:

• Detection of SNPs/ InDels/ CNVs/ SVs
• Discovery of germline or somatic mutations
• Detection and quantification of rare variants and low-frequency alleles
• Linkage analysis for inherited diseases
• Discovery of biomarkers and therapeutic targets

Jenker employs Illumina HiSeq and Novaseq instruments to provide the fast and accurate targeted region sequencing and bioinformatics analysis. Our highly experienced experts executes quality management, following every procedure to ensure high quality results.  
Advantages of Targeted Region Sequencing

• Focuses on regions of interest, generating a smaller, more manageable data set
• Reduces sequencing costs and data analysis burdens, especially for large amount of samples.
• High depth (500-1000X, or higher), allowing identification of rare variants.

Sequencing Platforms
HiSeq 4000/ HiSeq X Ten/ NovaSeq 6000
Bioinformatics Analysis

• Data quality control
• Alignment with reference genome
• SNP/ InDel calling, statistics and annotation
• Somatic SNP/ InDel calling, statistics and annotation

...
(More analysis upon request)
Analysis Workflow