引物（Primer）在聚合作用的起始時，可以刺激合成另一種大分子，并與反應(yīng)物以共價鍵形式連接的序列。在核酸化學中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段，可結(jié)合在核酸鏈上與之互補的區(qū)域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設(shè)計的引物被廣泛用于聚合酶鏈反應(yīng)、測序和探針合成等。

      自然中存在有生物的DNA復(fù)制引物（RNA引物）和聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR）中人工合成的引物（通常為DNA引物）。一般所說引物，指DNA引物，以下簡稱引物。

     上游引物：DNA分子兩端不一樣，因為核苷酸分子不是對稱的，5'位有個磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羥基端。DNA復(fù)制總是從5’端到3’端，因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以誰先復(fù)制誰上游，往后的就是下游，上游下游是個相對概念，是某一個序列/堿基相對于另一個序列/堿基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

       DNA是雙鏈，兩個鏈是反向平行的，DNA聚合酶順著其中一個鏈走，這個鏈就是負鏈，另引物（Primer）在聚合作用的起始時，可以刺激合成另一種大分子，并與反應(yīng)物以共價鍵形式連接的序列。在核酸化學中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段，可結(jié)合在核酸鏈上與之互補的區(qū)域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設(shè)計的引物被廣泛用于聚合酶鏈反應(yīng)、測序和探針合成等。

     DNA是雙鏈，兩個鏈是反向平行的，DNA聚合酶順著其中一個鏈走，這個鏈就是負鏈，另一個鏈是反著一段一段復(fù)制的，這個是正鏈。

      正義鏈（sensestrand）是上游引物，反義鏈（antisensestrand）是下游引物，鏈的合成方向是從5‘~3’。上游引物又叫正向引物,下游引物叫反向引物，在設(shè)計引物的時候一般是以其中的一條鏈來設(shè)的,所以上游引物是與這條鏈相同的，而反向引物則要反向互補后才行。

     上下游引物長度可以不同，主要是兩條引物的Tm值要接近不然會降低擴增效率PCR擴增并不要求上下游引物一定要相同長度。但是，如果上下游引物長度相差太遠，并不利于擴增反應(yīng)的進行。這一點可以從primer5.0中的引物評分可以看出來。因此，除非迫不得已，建議將兩條引物長度設(shè)計的相近，這樣引物評分要高一些。也有利于擴增反應(yīng)的進行。

     一個鏈是反著一段一段復(fù)制的，這個是正鏈。