熒光定量PCR儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式、創(chuàng)新的離心式等，每種設(shè)計(jì)都有它的獨(dú)到之處但也都有無(wú)法避免的缺憾。

  傳統(tǒng)的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無(wú)需特殊的耗材。有些傳統(tǒng)的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測(cè)，這些光學(xué)結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部，每個(gè)樣品孔距光源和檢測(cè)器的光程各不相同——邊緣效應(yīng)，對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響。為了保證精確、準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，這類儀器在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中通常會(huì)使用ROX(一種熒光染料)或?qū)Ｓ玫?/span>Reference dye作為參照校正實(shí)驗(yàn)結(jié)果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問(wèn)題。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產(chǎn)生較多熱能對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有一定的影響。CCD蕞大的優(yōu)點(diǎn)就是可以同時(shí)掃描所有樣品中的熒光信號(hào)，但是靈敏度較低，而且同時(shí)檢測(cè)樣品間的熒光信號(hào)存在干擾。