瞬時(shí)轉(zhuǎn)染：外源片段的表達(dá)時(shí)間短暫。這主要是因?yàn)橥庠磳?dǎo)入的裸露的載體整合入基因組的幾率非常低，所以以染色體外(episomal)形式存在，不能隨細(xì)胞分裂而一同復(fù)制導(dǎo)致最后拷貝數(shù)被稀釋導(dǎo)致的。而且考慮到細(xì)胞分裂會(huì)稀釋質(zhì)粒的量，所以起初轉(zhuǎn)染的質(zhì)粒拷貝數(shù)高。這就導(dǎo)致瞬時(shí)轉(zhuǎn)染呈現(xiàn)一個(gè)高拷貝到低拷貝迅速降低的過(guò)程，且無(wú)法在這個(gè)系統(tǒng)上實(shí)現(xiàn)可誘導(dǎo)表達(dá)。

穩(wěn)定轉(zhuǎn)染：是相對(duì)瞬時(shí)轉(zhuǎn)染而言，進(jìn)入細(xì)胞的質(zhì)粒整合入細(xì)胞基因組中，并能隨細(xì)胞分裂穩(wěn)定傳遞下去。在這個(gè)系統(tǒng)中，質(zhì)粒表達(dá)穩(wěn)定，拷貝數(shù)低，且能實(shí)現(xiàn)誘導(dǎo)表達(dá)。穩(wěn)定轉(zhuǎn)染并不是一種與瞬時(shí)轉(zhuǎn)染不同的方法，只是對(duì)瞬時(shí)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞進(jìn)行篩選，得到穩(wěn)定整合的細(xì)胞株。穩(wěn)定整合的幾率因基因傳遞的方法而異，跨度可以從10-8到10-1。因此，對(duì)于有的轉(zhuǎn)染方法，比如化學(xué)試劑介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染，其整合幾乎可以忽略不計(jì)。質(zhì)粒載體整合的位點(diǎn)并不是全隨機(jī)分布，依據(jù)不同的基因傳遞方法，呈現(xiàn)不同的靶向傾向性，所以是一種半隨機(jī)整合。