長時間使用氣相色譜儀后，分界線的內徑逐漸變小或甚至*堵塞。在分界線堵塞后，氣相色譜儀入口處就會出現異常壓力，峰形劣化，從而導致分析結果異常。氣相色譜儀在大修過程中，無論是否可以確定分界線是否被阻擋，都必須清潔分界線，氣相色譜分離線的清洗通常選擇有機溶劑如丙酮或甲苯。通過簡單的清潔很難清潔氣相色譜儀嚴重堵塞的分界線，并且需要一些其他輔助機械方法。通過選擇合適的導線厚度可以很容易地去除分流線，然后用有機溶劑如丙酮或甲苯洗滌，由于不容易預先準確地判斷轉向部分的狀態(tài)，因此在大修過程中手動分離的氣相色譜儀必須清潔分割線。