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Gephi安裝+數(shù)據(jù)處理教程：快速生成高質(zhì)量網(wǎng)絡(luò)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)2025/10/14

1.軟件介紹及下載安裝Gephi是一款開源、免費(fèi)軟件，可用于各種圖形和網(wǎng)絡(luò)的可視化，是主流網(wǎng)絡(luò)可視化軟件之一。在生物科學(xué)領(lǐng)域，常用于基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、微生物相互關(guān)系網(wǎng)絡(luò)等等類似的網(wǎng)絡(luò)圖形繪...

【文獻(xiàn)解讀】ChIP-seq應(yīng)用：解鎖地錢葉綠體發(fā)育調(diào)控密碼2025/10/14

文獻(xiàn)速遞葉綠體作為植物光合作用的“能量工廠”，其從原始質(zhì)體到功能*結(jié)構(gòu)的發(fā)育過程，受核編碼轉(zhuǎn)錄因子精密調(diào)控。目前，被子植物（如擬南芥）中的調(diào)控機(jī)制已被逐步揭開，但在非種子植物中，這些關(guān)鍵調(diào)控因子的功能...

polysome profiling（多聚核糖體圖譜分析）——解析翻譯調(diào)控機(jī)制的金標(biāo)準(zhǔn)2025/9/29

蛋白質(zhì)是生物體內(nèi)各項(xiàng)生命活動(dòng)的主要執(zhí)行者，蛋白質(zhì)的合成、修飾、折疊和組裝受到精密調(diào)控。根據(jù)中心法則，遺傳信息從DNA經(jīng)由mRNA傳遞到蛋白質(zhì)。這個(gè)過程主要受到四個(gè)水平的精密調(diào)控：轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、...

EMSA探針設(shè)計(jì)指南：從結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測到特異性探針設(shè)計(jì)2025/9/24

在做完篩選或大片段互作實(shí)驗(yàn)后，若需進(jìn)一步精確定位蛋白質(zhì)與DNA的具體結(jié)合位點(diǎn)，EMSA實(shí)驗(yàn)往往是理想選擇。但實(shí)際操作中，面對探針設(shè)計(jì)、結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測等問題，是否會(huì)感到有些無從下手？別擔(dān)心，今天我們就手把...

New Phytologist（IF=8.1）|DAP-seq助力解析擬南芥雄性育性調(diào)控網(wǎng)絡(luò)2025/9/24

2025年7月6日，浙江大學(xué)徐娟教授團(tuán)隊(duì)在NewPhytologist期刊發(fā)表了一篇題為“ADELLA-ANAC106reciprocalnegativefeedbackcircuitmodulate...

Riboseq研究思路解析-植物領(lǐng)域篇2025/9/24

通過系統(tǒng)梳理Riboseq相關(guān)研究文獻(xiàn)，我們將其核心研究思路歸納為四大方向：精準(zhǔn)量化翻譯效率，解碼多維調(diào)控機(jī)制，挖掘潛在翻譯元件，聯(lián)合解析分子機(jī)制（如下圖所示）。在上期推文中我們分享了Riboseq研...

HaloTag pull-down技術(shù)介紹2025/9/8

蛋白Pulldown技術(shù)將目標(biāo)蛋白進(jìn)行體外原核表達(dá)，使標(biāo)簽蛋白（Halo、GST、His等）與目標(biāo)蛋白融合表達(dá)，可以不受抗體、物種限制僅借助標(biāo)簽的親和介質(zhì)將目標(biāo)蛋白純化出來，目標(biāo)蛋白在純化過程中可以將...

HaloTag pull-down技術(shù)助力揭示雜交楊鎘脅迫耐受性的分子機(jī)制2025/9/8

2025年8月，北京林業(yè)大學(xué)林木花卉遺傳育種教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究團(tuán)隊(duì)在《EnvironmentalａndExperimentalBotany》發(fā)表一篇題為“PeCPK21interactswithH...

New Phytologist（IF=8.1） ▏DAP-seq助力揭示雜交楓香再生調(diào)控新機(jī)制2025/8/22

2025年6月，北京林業(yè)大學(xué)張金鳳團(tuán)隊(duì)在《NewPhytologist》（IF=8.1）上發(fā)表了一篇題目為“BZR2-GRF5actsasahubmoduleinregulatinginvitrore...

Linux常用命令大全：高效操作指南2025/8/18

引言對于生信分析，Linux命令是需要掌握的技能。本文系統(tǒng)整理六大核心場景的常用命令（文本處理、權(quán)限管理、壓縮解壓、文件查看、集群空間、管道符），附詳細(xì)示例，助你擺脫"邊查邊用"的困境！（文末附有10...

KEGG 通路圖看不懂？手把手帶你從入門到通透2025/8/18

在生命科學(xué)研究中，KEGG通路圖是理解基因功能、代謝網(wǎng)絡(luò)和疾病機(jī)制的核心工具。但面對密密麻麻的節(jié)點(diǎn)和箭頭，很多人直呼“像天書一樣難懂”。別擔(dān)心，這篇指南將用通俗的語言和實(shí)操案例，帶你一步步揭開KEGG...

Plant Biotechnol J（IF=10.5）|DAP-seq助力揭示葡萄白粉病抗性機(jī)制2025/8/7

葡萄（Vitisspp.）是一種在全球范圍內(nèi)廣泛種植的重要經(jīng)濟(jì)型作物。目前，大多數(shù)栽培葡萄屬于歐亞種葡萄（Vitisvinifera），該品種對白粉病高度敏感。白粉病可侵染葡萄所有綠色器官，并在整個(gè)生...

【收藏】ATAC-seq技術(shù)原理及在植物器官發(fā)育中的應(yīng)用2025/8/1

什么是ATAC-seq？染色質(zhì)開放性測序（AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing，ATAC-seq），一種用于檢測染色質(zhì)開放性的高...

RAP-seq技術(shù)——無需特異性抗體，高效解析RNA-蛋白互作調(diào)控網(wǎng)絡(luò)2025/7/28

在細(xì)胞的生命活動(dòng)中，RNA結(jié)合蛋白（RBP）與RNA的互作如同精密的“分子開關(guān)”，調(diào)控著mRNA的穩(wěn)定性、翻譯效率及亞細(xì)胞定位等關(guān)鍵過程。無論是植物應(yīng)對鹽堿干旱的逆境適應(yīng)，還是人類疾病中的基因表達(dá)異常...

Int J Biol Macromol | DAP-seq助力揭示水稻抗病新機(jī)制2025/7/16

研究背景水稻在生長過程中會(huì)遭受多種生物脅迫，其中稻瘟病、細(xì)菌性葉枯病和紋枯病是破壞性較大的三大病害，會(huì)造成全球范圍內(nèi)的糧食減產(chǎn)。植物激素如茉莉酸（JA）等可介導(dǎo)復(fù)雜的信號(hào)網(wǎng)絡(luò)以激活水稻的免疫反應(yīng)。MY...