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基于圖像的表型分析方法，如廣泛使用的 Cell Painting分析，使用高內涵成像和多參數輸出來研究細胞中的生物、遺傳和化學擾動。這種日益流行的方法正被應用于從藥物發(fā)現(xiàn)項目到基因組篩選研究。
在標準的 Cell Painting 實驗中，各種細胞器和結構 ( 細胞核、細胞質、線粒體、高爾基體、內質網、細胞骨架、胞質 RNA 和核仁 ) 在 5 個成像通道中被采集。這種廣泛的細胞染色能夠以單細胞分辨率對多種形態(tài)的擾動進行監(jiān)測和定量。已發(fā)表的 Cell Painting 分析的局限性包括適合的染料可用性狹窄以及成像系統(tǒng)提供足夠的光譜分離能力。具體來說，高爾基體和肌動蛋白是通過同一通道成像的，這就給圖像分析中區(qū)分這兩個結構帶來了挑戰(zhàn)。這種限制可能會干擾 hit 的選擇或掩蓋某些化合物的效果，特別是那些具有影響高爾基體 ( 生物合成途徑 ) 或細胞骨架網絡的作用機制 (MOA) 的化合物。

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