食品凍干機(jī)與醫(yī)藥類冷凍干燥機(jī)的工作原理、工藝過程雖然都差不多，但是還是存在許多差異。
1.產(chǎn)品發(fā)展的道路不通，冷凍干燥機(jī)設(shè)計(jì)中考慮的重點(diǎn)不一樣。藥品的冷凍干燥單份用量少，價(jià)值高，加工費(fèi)占用的比例小。而且藥品是直接進(jìn)入人體，甚至血管中，所以藥品凍干機(jī)要符合GMP要求，為盡量做到冷凍干燥整個(gè)過程中與外界接觸少，預(yù)凍跟干燥在同一個(gè)干燥箱內(nèi)進(jìn)行。
2.制品形態(tài)不同。藥品冷凍干燥前一般多配置稀溶液，凍結(jié)后成為緊密的兵團(tuán)，而固態(tài)食品則松散堆積。這就帶來兩者冷凍干燥機(jī)在結(jié)構(gòu)和加工方法上的差異。
由于以上兩個(gè)原因，導(dǎo)致了兩種冷凍干燥機(jī)設(shè)計(jì)不通。
1.傳熱方式：藥品凍干機(jī)的藥品在瓶中凍結(jié)后成為與瓶（托盤）緊密接觸的冰團(tuán)。冰的導(dǎo)熱性能較好，所以醫(yī)藥冷凍干燥機(jī)采用直接放在能制冷和加熱的擱板上進(jìn)行預(yù)凍和干燥。為了使導(dǎo)熱性能良好，要求擱板平整光潔。
而固態(tài)的食品因?yàn)樵谕斜P中松散堆積，食品間存在空隙，在真空狀態(tài)下傳熱性能很早，如果采用藥品冷凍干燥機(jī)進(jìn)行凍干效率太低，成本高。因此食品冷凍干燥機(jī)結(jié)構(gòu)為放置食品的托盤懸于兩層輻射加熱板之間。這種輻射加熱板的溫度較高，干燥快，效率高。
2.預(yù)凍方式：
醫(yī)藥凍干機(jī)如前面所述一般要求預(yù)凍和干燥在同一個(gè)干燥室內(nèi)進(jìn)行。而食品凍干機(jī)如果預(yù)凍也在干燥箱內(nèi)進(jìn)行，不僅要有既能供冷又能供熱的輻射板，而且還需要使箱內(nèi)空氣流動的流道和設(shè)備。在升華需要熱量的供熱部分與捕水需要制冷的熱冷環(huán)節(jié)出現(xiàn)冷熱抵消，增加了能耗，而且提高凍干機(jī)的成本，并且預(yù)凍又占用了干燥箱，使得效率降低。所以食品凍干機(jī)一般設(shè)有立的冷柜進(jìn)行預(yù)凍。
3.真空泵的匹配。
藥品冷凍干燥機(jī)， 系統(tǒng)中必要的主體設(shè)備通常由干燥腔室器及壓力控制和保護(hù)裝置、真空系統(tǒng)、制冷系統(tǒng)、液壓系統(tǒng)、循環(huán)系統(tǒng)、導(dǎo)熱擱板、加熱裝置、導(dǎo)熱媒體換熱器、有機(jī)溶媒回收裝置(選配)、在位清洗系統(tǒng)、在位蒸汽消毒滅菌系統(tǒng)及計(jì)算機(jī)控制系統(tǒng)等組成 。可使用較長時(shí)間（30分鐘）將其真空系統(tǒng)由常壓抽到某一壓力如50Pa，并以此來匹配真空泵的容量。在整個(gè)干燥期間所需真空泵容量較小，一般用一組泵。因此降壓時(shí)間的長短決定了真空泵的抽速，也決定了整個(gè)凍干過程中真空泵的能耗。而且藥品凍干機(jī)冷阱的溫度較低，抽氣處的水蒸氣壓力較低，只要抽氣量不是過大，將其壓縮到大氣壓仍能保持氣態(tài)而不會凝結(jié)成液態(tài)。
而食品冷凍干燥機(jī)，由于干燥箱無制冷，預(yù)凍好的產(chǎn)品必須在很短的時(shí)間內(nèi)（10-15分鐘）將箱體抽到一定的壓力，如100pa，使被凍結(jié)在制品中的冰能升華吸熱，從而降低制品的溫度，維持其凍結(jié)狀態(tài)。一般食品凍干機(jī)匹配兩套真空泵，一套較大抽量的初期泵和一套較小的抽氣泵，開始抽氣時(shí)候啟用大的抽氣泵，當(dāng)真空降低到某一個(gè)值時(shí)候，可關(guān)閉大泵，而開啟小泵。這個(gè)過程中，只要漏氣率大于升華過程中產(chǎn)生的不凝結(jié)氣體量之和就可以。
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