北京澤匯商貿有限公司
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閱讀：241發(fā)布時間：2026-2-9
血漿蛋白組學作為挖掘疾病標志物、推動藥物研發(fā)的關鍵方向，近年來卻受困于一大核心瓶頸 —— 基于質譜的高通量檢測中，蛋白定量穩(wěn)定性不足，直接導致血漿大隊列實驗難以推進，嚴重延緩了科研成果向臨床的轉化。即便賽默飛 Orbitrap Astral、布魯克 Tims TOF 等新一代高分辨質譜儀性能大幅升級，流程不標準、前處理不統(tǒng)一、數據分析不一致的問題仍未解決，不同儀器數據無法聯通，數據孤島、結果難復現等難題依舊突出。而珞米生命科技 Proteonano™蛋白組學前處理分析系統(tǒng)的出現，正為突破這一困境而來。本文以健康人混合血漿為樣本，評估其在不同質譜儀上的表現，力求為高通量血漿蛋白組學建立標準流程，為標志物轉化提供新可能。
Proteonano™ 系統(tǒng)適配三款質譜儀全流程
前處理試劑盒和測試樣本信息
Proteonano™ 平臺在不同質譜儀上的表現
蛋白鑒定數和動態(tài)范圍
TimsTOF Pro 2 雖然梯度時間較長，但相對于 Orbitrap Exploris 480 具有更高的蛋白鑒定能力，同時，進樣量更低有利于降低實驗成本。Orbitrap Astral 梯度時間短，蛋白鑒定能力強，相對于 Orbitrap Exploris 480和 TimsTOF Pro 2，在蛋白鑒定能力上與 Proteonano™ Kit 試劑盒及 Lite Suite 高通量蛋白組學分析系統(tǒng)更適配。
各個質譜平臺鑒定結果的 CV 值在 0.25%~1.47%，CV 值分析均表現出數據結果具有高穩(wěn)定性。同時，Proteonano™在三個不同的平臺上，檢測到的蛋白豐度范圍均超過了 8 個數量級，相比傳統(tǒng)方法只有 3-5 個數量級，鑒定深度提升了接近 10000 倍。
定量穩(wěn)定性：蛋白強度定量中位數 CV 值 <15%
我們進一步探討了 Proteonano™ Platform 在不同高分辨質譜儀上蛋白檢測定量的穩(wěn)定性。在 Orbitrap Astral、Orbitrap 480、timsTOF Pro2 上面，中位數 CV 值從 8.1% 到 12.7%。同時我們也看到，在 Orbitrap Astral 180SPD 和 100SPD 下，其中位數 CV 值位于 10% 以下，也進一步證實了這款由 Thermo Fisher 在 2013 年發(fā)布的新款高分辨質譜儀在數據采集穩(wěn)定性方面的提升。
覆蓋 HPPP（人類血漿蛋白組數據庫）比例
我們把不同質譜平臺（Orbitrap Exploris 480、TimsTOF Pro 2 和 Orbitrap Astral）鑒定到的蛋白與人類血漿蛋白組數據庫（Human Plasma Proteome Project, HPPP）數據庫進行分析。結果顯示（見圖五），基于Proteonano™ 平臺在 Orbitrap Astral、Orbitrap 480、timsTOF Pro2 上可檢測到的蛋白質覆蓋 HPPP 數據庫中大約 50% 的蛋白質，其中有 1690 種蛋白被三個質譜儀同時檢測到。這也體現了不同質譜儀之間存在的差異和互補性。
不同質譜平臺之間的相關性
我們對質譜平臺（TimsTOF Pro 2和Orbitrap Astral）均鑒定到的2497 個蛋白進行Pearson 相關系數計算，以評估兩個平臺的檢測一致性，其中 Intensity TOP20 的蛋白已經被剔除。
結論
（1）Proteonano™平臺具有優(yōu)秀的的通用性：在 Orbitrap Exploris 480、TimsTOF Pro 2、Orbitrap Astral 上都實現了超多重深度血漿蛋白組實驗，蛋白鑒定數量位于 2000 到 4000 之間，且蛋白數量差異值小于 5%。
（2）Proteonano™平臺具有優(yōu)秀的蛋白定量準確性：在三款高分辨質譜儀上的蛋白鑒定定量 CV 值均小于15%，能夠確保數據的準確性，進一步說明 Proteonano™系統(tǒng)具有高靈敏度、高可重復性的優(yōu)勢。
（3）Proteonano™平臺具有高度的標準化：在三款高分辨質譜儀上均采用了自動化、嚴謹的數據庫（Swiss-Prot）和數據分析流程，保證了結果的可靠性和可標準化。
綜上所述，Proteonano™高通量超多重蛋白組學分析系統(tǒng)在不同質譜平臺用于血漿蛋白組學分析應用中，均展現出了優(yōu)異的準確性和靈敏度，為高通量血漿蛋白組學在不同質譜儀上建立標準分析流程，為多重蛋白標志物發(fā)現和轉化提供可行性方案。
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