當(dāng)液體混合物沿加熱板流動并被加熱，輕、重分子會逸出液面而進(jìn)入氣相，由于輕、重分子的自由程不同。因此，不同物質(zhì)的分子從液面逸出后移動距離不同，若能恰當(dāng)?shù)卦O(shè)置一塊冷凝板，則輕分子達(dá)到冷凝板被冷凝排出，而重分子達(dá)不到冷凝板沿混合液排出。
物料從短程分子蒸餾儀的頂部加入，經(jīng)轉(zhuǎn)子上的料液分布器將其連續(xù)均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進(jìn)。在此過程中，從加熱面上逸出的輕分子，經(jīng)過短的路線和幾乎未經(jīng)碰撞就到內(nèi)置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于底部的出料管排出；殘液即重分子在加熱區(qū)下的圓形通道中收集，再通過側(cè)面的出料管中流出。
在進(jìn)行分子蒸餾的過程中，多因素都會影響分子蒸餾設(shè)備的作業(yè)能力，其中較為明顯的就是進(jìn)料位置和填料種類。正是因為如此，在設(shè)計分子蒸餾裝置的時候，一定要謹(jǐn)慎。
當(dāng)分子蒸餾設(shè)備在運(yùn)用不同種類填料的情況下，分離效果也是不一樣的，根據(jù)裝填方式可分為散裝填料和規(guī)整填料，與同樣尺寸相比，鮑爾環(huán)在分子蒸餾裝置中的氣液通量高，分離效果也好。
蒸餾操作是一項重要的前處理步驟。傳統(tǒng)的蒸餾設(shè)備，其加熱、蒸餾、冷凝、接收部分等各自分工，操作繁瑣，效率較低；且由于缺乏蒸餾終點(diǎn)控制，常導(dǎo)致蒸餾失敗，影響工作效率，而且明火加熱易爆瓶，操作危險。短程分子蒸餾儀的出現(xiàn)讓蒸餾操作變得那么的簡單。
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