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威尼德生物科技(北京)有限公司


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技術(shù)文章

威尼德分子雜交儀:基因克隆知識問答及FAQ

閱讀:27發(fā)布時間:2026-5-22

       威尼德生物科技(北京)有限公司,研發(fā)生產(chǎn)的經(jīng)濟(jì)型分子雜交儀VH-1000、多功能型分子雜交儀VH-4000、組合型分子雜交儀VH-2000,底部標(biāo)配培養(yǎng)皿圓周運(yùn)動托盤,選配250ML/500ML錐形瓶托盤, 96孔酶標(biāo)板托盤,可適用于如放置雜交袋等其他嚴(yán)格要求的孵育實(shí)驗(yàn),,以及膜洗脫和凝膠脫色,同時可以做恒溫微生物培養(yǎng)。分子雜交儀是現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)室采用雜交技術(shù)的理想設(shè)備,可替代塑料雜交袋和水浴搖床,并避免破損帶來的污染危害。

分子雜交儀 .png

      基因克隆是指在體外將含有目的基因或其它有意義的DNA片段同能夠自我復(fù)制的載體DNA連接,然后將其轉(zhuǎn)入宿主細(xì)胞或受體生物進(jìn)行表達(dá)或進(jìn)一步研究的分子操作的過程,因此基因克隆又稱DNA克隆、分子克隆、基因重組或重組DNA技術(shù)。

      基因克隆涉及一系列的分子生物學(xué)技術(shù),如目的DNA片段的獲得、載體的選擇、各種工具酶的選用、體外重組、導(dǎo)入宿主細(xì)胞技術(shù)和重組子篩選技術(shù)等等。為了方便大家學(xué)習(xí)和交流,我以問答形式介紹基因克隆及其常見問題,希望對大家有所幫助。

    Q1:如何獲取一個已知基因的序列?

A1:對已知序列的基因克隆是基因克隆方法中簡便的一種。獲取基因序列多從文獻(xiàn)中查取,即將別人報道的基因序列直接作為自己DNA克隆的依據(jù)。目前,世界上主要的基因庫有:

(1)EMBL,為設(shè)在歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的基因庫,其網(wǎng)上地址為http://www.ebi.ac.uk/ebi-home.html;

(2)Genbank,為設(shè)在美國國家衛(wèi)生研究院(NIH)的基因庫,其為http://www.ncbi.nlm.nih.gov/web/search/index.html;

(3)Swissport和TREMBL,Swissport是一蛋白質(zhì)序列庫,其所含序列的準(zhǔn)確度比較高,而TREMBL只含有從EMBL庫中翻譯過來的序列。

目前,以Genbank的應(yīng)用頻繁。

    Q2:什么是基因克隆法(Shotgun Cloning)?

A2:該方法是隨機(jī)切割供體基因組DNA ,再轉(zhuǎn)化到受體基因組中,根據(jù)對轉(zhuǎn)化子的表型鑒定,然后找出所需克隆的基因,基因克隆戰(zhàn)略成功地應(yīng)用于分離細(xì)菌的無毒基因。Staskawica B. J .等利用這一策略,從大豆病原菌Pseudomonas Syringae pv.Glycinea中克隆到了它的無毒基因。但是在高等植物中,由于基因組很大,因而應(yīng)用這種方法進(jìn)行基因克隆非常困難。例如,如果將此方法應(yīng)用于番茄的抗病基因篩選,需要以雙元載體構(gòu)建抗病品種的基因文庫,然后通過農(nóng)桿菌等將它們導(dǎo)入感病品種之中,然后篩選抗病轉(zhuǎn)化體來分離抗病基因。但這樣鑒定一個單拷貝的基因,需要篩選105株轉(zhuǎn)基因植株,工作量非常大。

      威尼德生物科技(北京)有限公司,研發(fā)生產(chǎn)的經(jīng)濟(jì)型分子雜交儀VH-1000、多功能型分子雜交儀VH-4000、組合型分子雜交儀VH-2000,底部標(biāo)配培養(yǎng)皿圓周運(yùn)動托盤,選配250ML/500ML錐形瓶托盤, 96孔酶標(biāo)板托盤,可適用于如放置雜交袋等其他嚴(yán)格要求的孵育實(shí)驗(yàn),,以及膜洗脫和凝膠脫色,同時可以做恒溫微生物培養(yǎng)。分子雜交儀是現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)室采用雜交技術(shù)的理想設(shè)備,可替代塑料雜交袋和水浴搖床,并避免破損帶來的污染危害。

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    Q3:什么是TA基因克隆方法(Original TA Cloning Kit)?

A3:利用聚合酶同時具有的末端連接酶的功能,在每條PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的3’端自動添加一個3’-A突出端。然后利用一個線性含3’-T突出端的載體舊可以直接地連接PCR產(chǎn)物。所以TA克隆不需使用含限制酶序列的引物,不需將PCR產(chǎn)物進(jìn)行優(yōu)化,不需把PCR產(chǎn)物做平端處理,不需在PCR擴(kuò)增產(chǎn)物上加接頭,即可直接進(jìn)行基因克隆。

    Q4:基因克隆時選擇連接酶的原則?

A4:體外催化磷酸二酯鍵的形成可使用兩種酶:大腸桿菌連接酶和T4噬菌體連接酶,但幾乎在所有的克隆中T4噬菌體連接酶都是先選的酶,因其能在正常的反應(yīng)條件下有效的將平端連接起來。

   Q5:基因克隆時選擇內(nèi)切酶時的注意事項(xiàng)?

A5:在基因克隆設(shè)計時盡量使用好切的內(nèi)切酶,通常是效價高、便宜量大的酶,且注意這兩個酶有比較兼容的Buffer,即在這種公用Buffer中,兩酶的效力變化不大,至少保持60%的活性。

    Q6:如何在基因克隆實(shí)驗(yàn)中檢驗(yàn)酶切是否?

A6:根據(jù)酶切產(chǎn)物大小評判。例如原來的重組質(zhì)粒是3000 bp,酶切后,跑出來兩條少于3000 bp的條帶,就說明酶切了,如果不的話電泳還會跑出3000 bp的條帶。

    Q7:低產(chǎn)量或無轉(zhuǎn)化子的原因?

A7:可能有以下幾個原因:

(1)  轉(zhuǎn)化效率低。這可能是由于大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞轉(zhuǎn)化率低或者大腸桿菌無法忍受克隆序列引起,還有可能是電轉(zhuǎn)化前未除去連接酶和/或PEG,連接酶沒有熱失活,連接酶反應(yīng)的連接酶過量等原因引起轉(zhuǎn)化效率低

(2)  DNA質(zhì)量低。DNA含有污染或者凝膠切割回收時,DNA被UV光損害

(3)  DNA末端不匹配。在選擇限制酶時匹配不正確或者是載體和插入片段未磷酸化,PCR產(chǎn)物切割效率低,克隆時使用的工具酶受到污染等。

(4)  空載體。載體自身環(huán)化切割不造成。

(5)  結(jié)構(gòu)不正確。非特異性PCR產(chǎn)物克隆,或者由于內(nèi)切或外切核酸酶污染使得插入片段斷裂。

(6)  克隆的插入片段序列錯誤。PCR使用的DNA聚合酶保真性低,凝膠切割回收時DNA被UV光損害,PCR引物錯誤。

(7)  克隆不含質(zhì)粒。瓊脂培養(yǎng)基中抗生素含量不夠或者衛(wèi)星克隆。

    Q8:怎樣挑選陽性重組DNA?

A8:1、將轉(zhuǎn)化后的液體涂布于瓊脂培養(yǎng)基表面,培養(yǎng)基中含有宿主菌敏感的抗生素,重組DNA(TA克隆載體分子)含有相應(yīng)抗生素的抗性基因,轉(zhuǎn)化的細(xì)菌能在培養(yǎng)基上生長形成單菌落;2、酶切鑒定:挑取的初步陽性克隆菌在培養(yǎng)基中培養(yǎng),純化質(zhì)粒,進(jìn)行雙酶切鑒定。如果酶切出來有兩條帶,其中一條和目的基因長度相似,另一條帶與質(zhì)粒大小相似,則二次鑒定為陽性克隆;3、將重組質(zhì)粒送檢測序,如果能得到目的基因序列,則確定重組成功。

Q9:基因克隆中質(zhì)粒DNA的小量制備?

      威尼德生物科技(北京)有限公司,研發(fā)生產(chǎn)的經(jīng)濟(jì)型分子雜交儀VH-1000、多功能型分子雜交儀VH-4000、組合型分子雜交儀VH-2000,底部標(biāo)配培養(yǎng)皿圓周運(yùn)動托盤,選配250ML/500ML錐形瓶托盤, 96孔酶標(biāo)板托盤,可適用于如放置雜交袋等其他嚴(yán)格要求的孵育實(shí)驗(yàn),,以及膜洗脫和凝膠脫色,同時可以做恒溫微生物培養(yǎng)。分子雜交儀是現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)室采用雜交技術(shù)的理想設(shè)備,可替代塑料雜交袋和水浴搖床,并避免破損帶來的污染危害。

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A9:常見的質(zhì)粒DNA提取方法有簡易一步提取法、堿裂解法和煮沸法。常用的為堿裂解法,原理是:在pH 12.0-12.6堿性環(huán)境中,線性的大分子量細(xì)菌染色體DNA變性,而共價閉環(huán)質(zhì)粒(CC)DNA仍為自然狀態(tài)。將pH值調(diào)至中性并有高鹽濃度存在的條件下,染色體DNA之間交聯(lián)形成不溶性網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。大部分染色體DNA和蛋白質(zhì)在去污劑SDS的作用下形成沉淀,而質(zhì)粒DNA仍為可溶狀態(tài)。通過離心,將可去除大部分細(xì)胞碎片、染色體DNA、RNA及蛋白質(zhì),質(zhì)粒DNA尚在上清中,再用乙醇沉淀回收質(zhì)粒DNA。目前,SunShineBio的商品化質(zhì)粒小量提取試劑盒可以幫助您回收高質(zhì)量的質(zhì)粒。

    Q10:基因克隆實(shí)驗(yàn)中所需試劑?

A10:1、PCR基因擴(kuò)增儀;恒溫振蕩培養(yǎng)箱;超凈工作臺;細(xì)菌恒溫培養(yǎng)箱;臺式高速離心機(jī);電熱恒溫水浴箱;冰箱;電泳儀;電泳槽,樣品槽模板(梳子);紫外燈;保鮮膜;一次性塑料手套;凝膠自動成像儀。

2、三角燒瓶,培養(yǎng)皿,玻璃試管,試管塞,玻璃棒,酒精燈,鑷子,脫脂棉,紗布,乙醇,容器盒。

3、微量加樣器;Tip頭;Tip頭盒;Eppendorff管;Eppendorff管架。Parafilm,透明膠帶。

      威尼德生物科技(北京)有限公司,研發(fā)生產(chǎn)的經(jīng)濟(jì)型分子雜交儀VH-1000、多功能型分子雜交儀VH-4000、組合型分子雜交儀VH-2000,底部標(biāo)配培養(yǎng)皿圓周運(yùn)動托盤,選配250ML/500ML錐形瓶托盤, 96孔酶標(biāo)板托盤,可適用于如放置雜交袋等其他嚴(yán)格要求的孵育實(shí)驗(yàn),,以及膜洗脫和凝膠脫色,同時可以做恒溫微生物培養(yǎng)。分子雜交儀是現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)室采用雜交技術(shù)的理想設(shè)備,可替代塑料雜交袋和水浴搖床,并避免破損帶來的污染危害。

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4、DNA重組相關(guān)試劑:

(1).Taq DNA聚合酶,緩沖液,dNTP,特異性引物,靶DNA;凝膠回收試劑盒;TA克隆載體:感受態(tài)細(xì)胞;氨芐(100mg/ml)。

(2).LB培養(yǎng)基:胰蛋白胨10 g,酵母提取物5 g,氯化鈉10 g,10N NaOH調(diào)pH至7.0定容至1 L。15磅高壓消毒,4 ℃保存。

(3).LB瓊脂培養(yǎng)基:15 g瓊脂粉溶于1000 ml LB培養(yǎng)基,15磅高壓消毒備用。

5.質(zhì)粒提取試劑或者質(zhì)粒提取試劑盒:

溶液Ⅰ(10×):0.5 M葡萄糖;0.25 M Tris-Cl (pH8.0);0.1 M EDTA,10磅高壓消毒,4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

溶液Ⅱ:0.2M NaOH;1% SDS 室溫貯存,即用即配。

溶液Ⅲ:3M NaOAc (pH4.8) 10磅高壓消毒,室溫貯存。

RNA酶 A:10 mg/ml

TE緩沖液:10 mM Tris-Cl (pH7.6),1 mM EDTA(pH8.0)

6.質(zhì)粒DNA的限制性內(nèi)切酶酶切及瓊脂糖凝膠電泳相關(guān)試劑:SunShineBio即用緩沖液;限制性內(nèi)切酶及酶反應(yīng)所需緩沖液;瓊脂糖;溴化乙啶貯存液(10 mg/ml);6×載樣緩沖液。

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50×Tris-乙酸(TAE)貯存液:242 g Tris堿,57.1 ml冰乙酸,100 ml 0.5 mol/L EDTA(pH8.0)加水至1 L。

Q11:基因克隆實(shí)驗(yàn)中SunShineBio可以提供哪些試劑產(chǎn)品

A11:(1) 核酸試劑盒:SunShineBio質(zhì)粒小量抽提試劑盒、無內(nèi)毒素質(zhì)粒小量抽提試劑盒、DNA凝膠回收試劑盒、PCR產(chǎn)物純化回收試劑盒、電泳Marker。(2)生化試劑及即用試劑:1 M Tris-HCl(pH8.0)、10×TAE Buffer、5×TBE Buffer、EB染料、6×Surcose DNA Loading Buffer、瓊脂、氨芐、Tris Base等。



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