在5月21日出版的Science雜志上，美國國立衛(wèi)生研究院人類微生物（Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium）旗下的人類微生物Jumpstart代表菌株聯(lián)盟（Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium）的研究人員公布了微生物基因組測序計(jì)劃中的頭178個(gè)與人類宿主有關(guān)的細(xì)菌基因組序列的zui初的分析。

由于二十世紀(jì)90年代啟動(dòng)的人類基因組計(jì)劃（HGP）以當(dāng)時(shí)的技術(shù)水平要在15年內(nèi)完成這一計(jì)劃任務(wù)是很艱巨的。為了順利完成人類基因組特別是功能基因組計(jì)劃，科學(xué)家們同時(shí)也啟動(dòng)了模式生物基因組計(jì)劃，以期探討序列測定的新技術(shù)新方法以及確定基因功能的表達(dá)模式，其中包括大腸埃希菌、流感嗜血桿菌、釀酒酵母等微生物。

在過去的10年中，微生物學(xué)領(lǐng)域得到巨大的轉(zhuǎn)變，這部分是由于坐落在馬里蘭州洛克菲勒市的基因組研究所（TIGR）的基因組測序儀的幫助。TIGR的科學(xué)家們發(fā)表了zui初三個(gè)完整的微生物基因組序列——Haemppholus influenzae, Mycoplasma genitalium與Methanococcus jannaschii，并且隨后完成了至2004年1月份完成與發(fā)表的150個(gè)微生物基因組中的40個(gè)。

研究人員將與其他人共享他們的數(shù)據(jù)，這樣其他的遺傳學(xué)家如果試圖從自然環(huán)境中對大量的微生物基因組做直接采樣的話，他們可以參考這些數(shù)據(jù)。這一對我們身體上的微生物的更好的理解會(huì)在將來對了解某些人類的疾病提供線索。

在這篇文章中，研究人員研發(fā)了對在其自然環(huán)境中的微生物進(jìn)行大規(guī)?；蚪M測序的標(biāo)準(zhǔn)化方法，他們的目標(biāo)之一是為至少900種將人體稱為住所的細(xì)菌制作出參照基因組序列。目前公開的是頭178個(gè)與人類宿主有關(guān)的細(xì)菌基因組序列的zui初的分析。 到目前為止，這些結(jié)果給未來的分析工作提供了一個(gè)重要的基線，盡管這些研究人員說，他們只是剛剛觸及了人類“微生物組”的表面而已。

機(jī)體除受自身基因的調(diào)控外，還受到大量的共生細(xì)菌的影響。這些細(xì)菌大部分寄生在人的腸道中，通稱為腸道菌群，在學(xué)術(shù)界常被稱作“人體腸道元基因組”。該項(xiàng)研究成果收集了124個(gè)來自于歐洲人腸道菌群的樣本，采用了新一代大規(guī)模高通量的測序技術(shù)進(jìn)行深度測序，產(chǎn)出近6千億的堿基序列。經(jīng)過序列組裝和基因注釋分析，從中獲得330萬個(gè)非冗余的人體腸道元基因組的參考基因，約是人自身基因的150倍。這個(gè)基因集中包含了絕大部分目前已知的人體腸道微生物基因，但更多的是目前未知微生物的基因。從這個(gè)基因集中可以估計(jì)人腸道中存在約1000到1150種細(xì)菌，平均每個(gè)體內(nèi)約含有160種優(yōu)勢菌種，并且這些細(xì)菌是絕大部分個(gè)體所共有的。

2007年Science雜志就預(yù)測，人體微生物的研究可能成為科學(xué)家們的新熱點(diǎn)課題，時(shí)間過去3年，這一預(yù)測就得到實(shí)現(xiàn)，隨著腸道微生物基因組計(jì)劃，腸道微生物與代謝疾病的研究步伐的加速，腸道微生物研究受到的重視。

在今年三月，Nature雜志就以封面文章的形式公布了人體腸道元基因組研究計(jì)劃（MetaHIT）的一部分，研究人員用高通量的測序技術(shù)和能的信息分析平臺，取得了一系列突破性的研究成果。