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細(xì)菌基因組*實(shí)驗(yàn)方法

時(shí)間:2013/4/28閱讀:862
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細(xì)菌基因組*實(shí)驗(yàn)方法
一、操作方法
 1. 用2 ml 離心管收集1.0×109(1 ml 菌液OD600 為1-1.5)的細(xì)菌培養(yǎng)物,12 000×g 離心30 s,棄盡上清。用150 μl 已加入RNase A 的Buffer S 懸浮沉淀。
 * 確認(rèn)RNase A 已加入Buffer S 中。
* 懸浮需均勻,不應(yīng)留有小的菌塊,否則將影響溶菌效果。
 2. 加入20 μl *貯存液,混合均勻,室溫靜置5 min。
 3. 加入30 μl 0.25 M EDTA(pH 8.0),混合均勻,冰浴5 min。
 4. 加入450 μl Buffer G-A,旋渦振蕩15 s,65℃水浴10 min。
 5. 加入400 μl Buffer G-B 和1 ml Buffer DV(4℃預(yù)冷),用力混合,12 000×g 離心2 min。
 * 請(qǐng)?jiān)趯?shí)驗(yàn)前按照實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備步驟2 內(nèi)容,準(zhǔn)備Buffer DV。
 6. 盡可能丟棄上相,保留相間沉淀和下相。加入1 ml 4℃預(yù)冷Buffer DV,用力混合,12 000×g 離心2 min。
 7. 丟棄上相,將下相轉(zhuǎn)移至濾器(濾器置于2 ml 離心管中)。12 000×g 離心1 min。
 * 上相無需*棄盡,在轉(zhuǎn)移無色下相時(shí)偶有混入的上相,可在Tip 頭內(nèi)迅速分相,便于丟棄。
* 如在轉(zhuǎn)移過程中吸入少量界面沉淀,不必去除,可過濾除去。
* 有色上相務(wù)必除盡,否則將抑制DNA 結(jié)合到silica 膜上。
 8. 棄濾器,在濾液中加入400 μl Buffer BV,混合均勻。
 步驟9-12 可選擇離心法或負(fù)壓法
 負(fù)壓法
 1) 將制備管插到負(fù)壓裝置的插口上,將步驟8 中的混合液移入制備管中,開啟并調(diào)節(jié)負(fù)壓至-20-30 英寸汞柱,吸盡管中溶液。
 2). 保持負(fù)壓,加入500 μl Buffer W1,吸盡管中溶液。
 3). 保持負(fù)壓,沿管壁四周加入700 μl Buffer W2,吸盡管中溶液;以同樣的方法再用700 μl BufferW2 洗滌一次。
 * 確認(rèn)在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 * 沿管壁四周加入Buffer W2 有助于*沖洗沾附在管壁上的鹽份。
 * 兩次用Buffer W2 沖洗能確保鹽份被*清除,消除對(duì)酶切反應(yīng)的影響。
 4將制備管置于一個(gè)2 ml 離心管中,12 000×g 離心1 min。
  離心法
 1)將制備管置于2 ml 離心管中,將步驟8 中的混合液移入制備管中,12,000×g 離心1 min。
 2)棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,加入500 μl Buffer W1,12 000×g 離心1 min。
 3)棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,加入700 μl Buffer W2,12 000×g 離心1 min。
 以同樣的方法再用700 μl Buffer W2 洗滌一次。
 * 確認(rèn)在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 * 兩次用Buffer W2 沖洗能確保鹽份被*清除,消除對(duì)酶切反應(yīng)的影響。
4)棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,12 000×g 離心1 min。
. 將制備管置于另一潔凈的1.5 ml 離心管中,在silica 膜*加100-200 μl Eluent 或去離子水,室溫靜置1 min。12 000×g 離心1 min 洗脫DNA。
 * 將去離子水或Eluent 加熱至65℃將提高洗脫效率。
二、實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
 1. *次使用時(shí),在Buffer W2 中按試劑瓶上的體積加入無水乙醇并混合均勻。
 2. 準(zhǔn)備Buffer DV:取2 ml Buffer DV-A,125 ml 異丙醇,75 ml 異丁醇,加入提供的250 ml 試劑瓶中,混合均勻。
3. 4℃預(yù)冷Buffer DV。
 4. *次使用試劑盒時(shí),用50%甘油溶解*,使*濃度為50 mg/ml。
 5. *次使用試劑盒時(shí)將隨試劑盒攜帶的RNase A 全部加入Buffer S 中,混合均勻。
 6. 準(zhǔn)備65℃水浴。
7. 檢查Buffer G-A 和Buffer G-B 是否出現(xiàn)沉淀,若出現(xiàn)沉淀,于65℃水浴加熱至沉淀*溶解后再使用。
 8. 將Eluent 或去離子水加熱至65℃有利于基因組DNA 的充分洗脫。
   注意事項(xiàng) 1. Buffer G-B、Buffer BV 和Buffer W1 含刺激性化合物,操作時(shí)要戴乳膠手套和眼鏡,避免沾染皮膚、眼睛和衣服、謹(jǐn)防吸入口鼻。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要立即用大量水或生理鹽水沖洗,必要時(shí)尋求醫(yī)療咨詢。
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