要分析和判斷色譜儀的故障所在，就必須要熟悉氣相色譜的流程和氣、電路這兩大系統(tǒng)，特別是構(gòu)成這兩個系統(tǒng)部件的結(jié)構(gòu)、功能。色譜儀的故障是多種多樣的，而且某一故障產(chǎn)生的原因也是多方面的，必須采用部分檢查的方法，即排除法，才可能縮小故障的范圍。
對于氣路系統(tǒng)出的故障，不外乎是各種氣體(特別是載氣)有漏氣的現(xiàn)象、氣體質(zhì)量不佳、氣體穩(wěn)壓穩(wěn)流不好等。例如，基線若始終向下漂移，即“電平”值逐漸變小至負數(shù)，這極有可能是載氣泄漏，那么就要查找各個接頭部件是否有漏的現(xiàn)象，若不漏而基線仍漂移，則可能是電路系統(tǒng)的故障。
排除電路上的故障并非易事，需要分析工作者有一定的電子線路方面的知識，并且要弄清楚主機接線圖和各系統(tǒng)的電原理圖(尤其是接線圖)。在這些圖上清楚地畫出了控制單元和被控對象間的關(guān)系，具體地標(biāo)明了各接插件引線的編號和去向，按圖去檢查電路，找尋故障是非常方便的。
色譜電路系統(tǒng)的故障，一般是溫度控制系統(tǒng)的故障和檢測放大系統(tǒng)的故障，當(dāng)然不排除供給各系統(tǒng)的電源的故障。
溫控系統(tǒng)(包括柱溫、檢測器溫控、進樣器溫控)的主回路由可控硅和加熱絲組成，可控硅導(dǎo)通角的變化，使加熱功率變化，從而使溫度變化(恒定或不恒定)。而控制可控硅導(dǎo)通角變化的是輔回路(或稱控溫電路)，包括鉑電阻(熱敏組件)和線性集成電路等。因此，若是溫控系統(tǒng)的毛病，應(yīng)首先要檢查可控硅是否已壞，加熱絲是否已壞(斷或短路)，鉑電阻是否已壞(斷或短路)或是否接觸不良。其次檢查輔回路的其他電子部件。
放大系統(tǒng)常見故障是離子訊號線受潮或斷開、高阻開關(guān)(即靈敏度選擇)受潮、集成運算放大器(如AD515JH、OP07等)性能變差或已壞等。
