色譜柱是消耗品，會隨使用時間或進樣的次數增加，出現色譜峰高降低，峰寬加大或出現肩峰，柱效下降。需要定期進行*清洗和再生。
1、反相柱
分別用甲醇：水＝90：10、純甲醇、二氯甲烷等溶劑著流動相，依次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的色譜柱體積。然后再以相反的次序沖洗。
2、正相柱
分別用正己烷、異丙醇、二氯甲烷、甲醇等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的柱體積（異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高）。注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷。所有的流動相必須嚴格脫水。
3、離子交換柱
長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導致色譜柱離子交換能力下降，。用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。
用戶還可以選擇能溶解柱內污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復到新柱的水平的。
如果柱子裝反了，可以調回來，但可能會造成柱內擔體塌陷。在不得已的情況下盡量不要反裝色譜柱。
