1氧損傷
氧是毛細(xì)管柱的大敵，在接近室溫下，不會(huì)對(duì)色譜柱有太大損害，柱溫升高時(shí)會(huì)嚴(yán)重?fù)p壞色譜柱。對(duì)于極性固定相，即使溫度和氧濃度很低時(shí)，也會(huì)發(fā)生嚴(yán)重?fù)p壞。雖然，短時(shí)間地暴露在空氣中，如注射空氣或更換隔墊不會(huì)有太大問(wèn)題，但也應(yīng)避免。
在氣路上有漏氣的地方(如氣路、接頭和進(jìn)樣器)，往往是進(jìn)入氧氣的源頭，當(dāng)色譜柱加熱時(shí)，***會(huì)很快地?fù)p壞固定相，會(huì)過(guò)早地引起固定液的過(guò)度流失，至使活性化合物有拖尾，降低柱效。在不太嚴(yán)重的情況下，色譜柱還會(huì)有一定的分離功能，但柱效已經(jīng)下降。在嚴(yán)重的情況下，色譜柱***會(huì)******失效。
2化學(xué)損傷
有少數(shù)化合物會(huì)使固定相遭到破壞。不揮發(fā)性化合物，進(jìn)入色譜柱常常會(huì)降低色譜柱的性能，但是不會(huì)破壞固定相，有條件時(shí)這些沉積的殘留物可以用溶劑沖洗而除去，能恢復(fù)色譜柱的性能。
要避免進(jìn)入色譜柱的主要化合物是無(wú)機(jī)和礦物堿和酸，這些礦物堿和酸不會(huì)揮發(fā)，通常積累在色譜柱的前端，如果使其停留在那里***會(huì)破壞固定相，使色譜柱過(guò)早的大量流失，使活性化合物拖尾，以及使柱效下降，其征兆和熱損壞及氧損壞類似。
由于化學(xué)損壞多發(fā)生在色譜柱的前端，所以可把色譜柱的前端切掉0.5～1m，在比較嚴(yán)重的情況下，可以截去5m或更長(zhǎng)的一段。如果使用保護(hù)柱***會(huì)減小色譜柱被損害的長(zhǎng)度，但是需要經(jīng)常處理或更換保護(hù)柱。酸或堿還常常會(huì)破壞石英管內(nèi)的去活表面，因而會(huì)引起活性化合物的峰形變壞。
3污染
氣相色譜中，毛細(xì)管色譜柱被污染是很普遍的問(wèn)題，不幸的是，它和各種各樣常見(jiàn)的故障相似，常常被錯(cuò)誤的判斷為其它的故障，雖然被污染了的色譜柱并沒(méi)有損壞，但已失去效能。通常有兩種基本類型的污染物，不揮發(fā)性污染物和半揮發(fā)性污染物。不揮發(fā)性污染殘留物不能從色譜柱里洗脫出來(lái)，而是累計(jì)在色譜柱里，這樣它***成為涂漬了殘留物的色譜柱，因而影響溶質(zhì)的分配。而且殘留物還會(huì)和活性化合物相互作用，甚至造成峰的拖尾，減少峰面積。
活性溶質(zhì)是指那些含有羥基或氨基(一些硫醇基)及醛的物質(zhì)；半揮發(fā)性污染物***后會(huì)洗脫出去，但需要幾個(gè)小時(shí)或幾天時(shí)間，半揮發(fā)性污染物和不揮發(fā)性殘留物一樣，他們也會(huì)引起峰形變壞和峰面積減小。此外，還常常引起基線不穩(wěn)定(漂移、噪音增加)或出鬼峰等。
污染物的來(lái)源有許多，其中進(jìn)樣是***主要的來(lái)源。生物液體和組織、土壤、廢水、地下水和類似的含有大量半揮發(fā)的和不揮發(fā)物質(zhì)的基體，甚至使用凈化方法，樣品也會(huì)含有少許這些物質(zhì)并帶到注射樣品中，幾次到幾百次進(jìn)樣***會(huì)造成殘留物的積累故障。柱上進(jìn)樣、不分流進(jìn)樣和大口徑柱直接進(jìn)樣等進(jìn)樣方法常常會(huì)造成上述色譜柱的嚴(yán)重污染。
污染物還會(huì)來(lái)源于氣體管路、凈化器、密封墊、隔墊的碎屑或其他與樣品可能接觸的物質(zhì)，如樣品瓶、溶劑、注射器、移液管等，這些類型的污染物可能會(huì)突然性的引起故障。
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