1. 簡單皮實(shí)。離子阱系統(tǒng)（包括3D離子阱和2D線性離子阱）通常都構(gòu)造相對簡單，沒有像Orbit Trap所需要的C-Trap、Z-Lens等復(fù)雜的離子傳輸電鏡；對工作環(huán)境要求不嚴(yán)苛，沒有像TOF一樣需要對環(huán)境溫度和試驗(yàn)臺震動有著近乎苛刻的要求。相比較Q系統(tǒng)需要至少三套獨(dú)立射頻RF系統(tǒng)來飛別控制三個四極桿，一臺離子阱系統(tǒng)，通常只需要一組射頻RF就足夠。簡單的構(gòu)造帶來的直接特點(diǎn)就是故障率低，皮實(shí)耐用。另一個由構(gòu)造簡單帶來的特點(diǎn)是容易小型化，這也是為什么現(xiàn)在小型化質(zhì)譜系統(tǒng)大多是基于離子阱技術(shù)的原因。2. 多極質(zhì)譜。一般來說，多極質(zhì)譜技術(shù)分為兩種，Tandem-in-space空間多極質(zhì)譜/Tandem-in-time時間多極質(zhì)譜。對于分析復(fù)雜混合樣品，多極質(zhì)譜能很大程度去除背景干擾，增強(qiáng)信噪比，同時也能在需要解析離子結(jié)構(gòu)的應(yīng)用中起到很大的作用?？臻g多極質(zhì)譜通常是一類在離子傳輸飛行過程中將其打碎的技術(shù)，當(dāng)然，HCD也是這個范疇，如果不配合有離子儲存和選擇能力的分析器（例如離子阱）的話，這類技術(shù)是很難做到兩級以上多極質(zhì)譜的，對于需要深度解析離子結(jié)構(gòu)的應(yīng)用會有一些約束。時間多極質(zhì)譜通常是利用離子碰撞池和離子儲存空間共享的特性，將離子在儲存空間內(nèi)通過和中性媒介碰撞（例如共振激發(fā)Resonance CID）或吸取外面能量（例如UVPD）并打碎且分析的過程。在時間多極質(zhì)譜領(lǐng)域中，離子阱是*，在同一個阱內(nèi)，通過不斷選擇下一級母離子并將其打碎，目前的Thermo線性離子阱系統(tǒng)可以做到十極多極質(zhì)譜（當(dāng)然，前提是離子結(jié)構(gòu)和碎裂方式允許的前提下）。以目前的情況看，即便是在做HCD一類的Beam Type CID中也少不了離子阱的影子，Thermo的Fusion和LTQ Velos Pro中都可以將在離子阱內(nèi)選擇好的母離子傳到HCD碰撞池來完成碎裂并把碎片返回到離子阱進(jìn)而掃描分析。