杏因其營(yíng)養(yǎng)成分高、適應(yīng)性強(qiáng)而在世界范圍內(nèi)廣泛栽培，其肉質(zhì)鮮美，有著宜人的香氣，杏核也作為堅(jiān)果食用。杏的基因組已經(jīng)被測(cè)序，轉(zhuǎn)錄組、重測(cè)序和表型組的數(shù)據(jù)不斷增加。然而，隨著新信息的出現(xiàn)，這些數(shù)據(jù)有望被整合和傳播。
中國(guó)九種杏，01-09 代表九個(gè)品種：a 九個(gè)品種的分布、描述和圖片。b 九個(gè)品種的樹形及相對(duì)高度
為了更好地管理不斷添加的新數(shù)據(jù)，同時(shí)增加其便利性，作者構(gòu)建了杏基因組和表型組數(shù)據(jù)庫(kù)。目前，AprGPD包含3個(gè)參考基因組、1692個(gè)種質(zhì)、306個(gè)基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)、90個(gè)RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。AprGPD 已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了一套用戶友好的查詢、分析和可視化工具。作者還對(duì)杏的三個(gè)基因組的 59 個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族進(jìn)行了詳細(xì)分析。
種質(zhì)模塊，a 搜索工具；b 樣本的圖像和分布；c 定量（頻率圖和箱形圖）和定性（餅圖）特征的統(tǒng)計(jì)圖
AprGPD展示了六個(gè)模塊，包括品種、種質(zhì)、基因組、變異、產(chǎn)出、工具。AprGPD整合的數(shù)據(jù)將有助于杏的分子育種。
來(lái)源：Plant Methods.AprGPD: the apricot genomic and phenotypic database.Chen Chen, Huimin Liu, Ningning Gou, Mengzhen Huang, Wanyu Xu, Xuchun Zhu, Mingyu Yin, Haikun Bai, Lin Wang & Ta-na Wuyun
/articles/10.1186/s13007-021-00797-4
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