BOD5的測定是一個生化耗氧的過程。水樣中的微生物在與水中的有機物一起生長繁殖的同時，分解有機物，消耗水中的溶解氧。因此，水樣中必須含有一定量的能夠降解有機物的微生物。

工業(yè)廢水一般含有不同量的有毒物質(zhì)，會抑制微生物的活性，因此工業(yè)廢水中自身微生物的數(shù)量很少或根本沒有。如果使用測量富含微生物的城市廢水的普通方法，可能無法檢測到廢水中真正的有機物含量，至少很低。例如，對于經(jīng)過高溫滅菌處理的水樣，pH值過高或過低的水樣，除了冷卻、減少殺菌劑或調(diào)整pH值等預(yù)處理措施外，為保證BOD5測定的準(zhǔn)確性，還必須采取有效接種。

測量工業(yè)廢水的BOD5時，如果有毒物質(zhì)含量過大，有時需要用化學(xué)藥劑去除；如果廢水呈酸性或堿性，必須先中和；水樣通常經(jīng)過稀釋后，可用標(biāo)準(zhǔn)稀釋法測定。在水樣中的水中（如處理這種工業(yè)廢水的曝氣池混合物）中加入適量的含有馴化好氧微生物的接種物，就是使水樣中含有一定量的具有降解有機物能力的微生物。在其他測定BOD5的條件下，利用這些微生物分解工業(yè)廢水中的有機物，測定水樣培養(yǎng)5天的耗氧量，即可得到工業(yè)廢水的BOD5值。

污水處理廠曝氣池混合液或二沉池出水是測定進(jìn)入污水處理廠廢水的BOD5時理想的微生物來源。用生活污水直接接種，由于其中溶解氧很少或沒有，容易產(chǎn)生厭氧微生物，需要長期培養(yǎng)馴化。因此，這種經(jīng)過馴化的接種液只適用于某些有特定需求的工業(yè)廢水。